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結局Armadillo-j User's guideに必要なことが書いてありました。
でなんとなくrootでイメージのmake dep all をしたところ失敗。
一ユーザにも戻ってmake dep allしたところ、ファイルが上書きできないって起こられました。そこでmake clean したのですがなぜかconfigっぽいことをはじめてmake dep allに成功。helloのコンパイルも成功。次はlibpcapと思いきやbisonが無いそうです。ソース持ってくるしかなさそう。
結局CDROMに必要な情報はあったということです。User's guideをはしょってDeveloper'sに飛んだのが敗因でした。ですがCygwinの開発環境は結局成功せず。